Pour persister un modèle d’objets sur un fichier, voici deux API qui s’en occupent sans se prendre la tête :

• Prevayler (BSD) supporte des transactions
• JOAFIP (LGPL) permet de manipuler de gros volumes

Et NoDB qui mélange Prevlayer avec Lucène

Il est aussi possible d’utiliser des outils comme xstream ou une implémentation de l’API JAXB pour utiliser des fichiers xml.